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第一世代的神奇宝贝（无印篇前半，即关都地区）共有151只，其中梦幻作为幻兽，而超梦和三圣鸟则作为神兽登场，快龙则是唯一的准神（快龙一家也是当时唯一的龙神奇宝贝)。值得注意的是，在第一集里面，凤王这只城都地区的神兽就已经登场了。当然，它在图鉴中是算作城都地区而不是关都地区的神奇宝贝。
第二世代的神奇宝贝（无印后半，即城都地区）共有100只，在这100只神奇宝贝中，有些是前151只神奇宝贝的幼年期，比如皮丘和宝宝丁。也有些新增的进化，比如大岩蛇的进化型大钢蛇、飞天螳螂的进化型巨钳螳螂等等。此外还新增了两个属性，恶系和钢系。在结尾小智挑战城都联盟的时候，原本应该出现在丰源地区的火焰鸡提前出场，并且击败了小智的喷火龙，这个时代新加入的幻兽是雪拉比（时拉比），神兽是三圣兽、凤王还有洛奇亚，准神是班基拉斯（班吉拉）。
第三世代的神奇宝贝（神奇宝贝超世代，即丰缘地区）共有135只全新的神奇宝贝，幻兽加入了两只（基拉祈、代欧奇希斯）、神兽加入了8只（裂空座、海皇牙、固拉多、三神柱、拉帝欧斯和拉帝亚斯两兄妹），前两个世代的女主小霞也光荣退场，新女主小遥登场。这个世代也同时加入了两只准神（巨金怪以及暴飞龙)。
第四世代的神奇宝贝（神奇宝贝钻石＆珍珠，即神奥地区）共有107只其全新的神奇宝贝，加入的幻兽、神兽是有史以来B格最高的，包括所有神奇宝贝的创世神阿尔宙斯，共有三圣菇、骑拉帝纳、帝牙卢卡、帕路奇亚等共计9只神兽，还有谢米、达克莱伊、玛纳霏、菲欧娜以及阿尔宙斯这五只幻兽。进加入的准神则是烈咬陆鲨，原本的铁甲犀牛，电击怪等神奇宝贝也获得了全新的进化。
第五世代的神奇宝贝（神奇宝贝超级愿望，即合众地区）共有156只全新的神奇宝贝，有酋雷姆为首的9只神兽，以及美洛耶塔、凯路迪欧等四只幻兽，新加入的准神则是三首恶龙。这个世代的游戏剧情是历年来最精彩的，但是动画却是历年来最烂的，有多烂？你可以去看下小智在合众联盟的战绩，很多人完全就把这部动画当做黑历史来看。
第六世代的神奇宝贝（神奇宝贝XYZ，即卡洛斯地区)仅有72只全新的神奇宝贝，是历年来最少的，但是这部增加前作神奇宝贝的mega进化或者其他类似于超级进化的形式，比如甲贺忍蛙的羁绊变身以及原始回归，共有49只共计51中不同的mega进化（原始回归、羁绊进化），这作新增蒂安希、胡帕、波尔凯尼恩三只幻兽，哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔、基格尔德三只神兽，新增的准神则是黏美龙。本作也新增龙系的克星妖精系，原本默默无闻的玛丽露丽也开始崭露头角，荣获龙族杀手的称号（隔壁七夕青鸟喜提龙族叛徒的称号）。
第七世代的神奇宝贝就现在正在播放的阿罗拉地区（神奇宝贝太阳月亮），本作新增86只神奇宝贝，且没有全新的mega进化，不过虽然没有新的mega进化，但是多了地区形态（共18个地区形态，均为关都地区的神奇宝贝)，同时也新增尬舞系统（Z招式）中二度爆炸。动画也取消了一贯的打道馆的模式，小智进入神奇宝贝学校开始学习。本作新增准神杖尾鳞甲龙、神兽则是奈克洛兹玛为首共九只（其中科斯莫古家族占了4只，卡噗家族占了4只），也新增了11只来自异世界的异兽。幻兽3只，值得注意的是，玛机雅娜和波尔凯尼恩两只神奇宝贝出自同一部电影，但是波尔凯尼恩被划为卡洛斯地区的神奇宝贝，而玛机雅娜则被划为阿罗拉地区的神奇宝贝。
以上出现的神奇宝贝总数为807只，所以你们以为神奇宝贝系列只有这807只神奇宝贝吗？并不是，任天堂随后又公布了两只全新的神奇宝贝美录坦以及美录梅塔。这两只神奇宝贝目前不在全国图鉴中，大概会被划为下一世代的神奇宝贝（无视去皮去伊），所以目前神奇宝贝系列的神奇宝贝数量为809只。
宝可梦历史上的第一只人造宝可梦，据说是通过幻之神奇宝贝梦幻的睫毛上的DNA制造出来的克隆体，虽然是人造宝可梦，但它却有胜似神兽的力量。
传说的神奇宝贝就是神兽中的一个大类，大多数神兽都属于传说神奇宝贝的分类里面，比如我们所熟悉的超梦、裂空座等等，这种神奇宝贝共有49只，不重复计算进化的话，则有46只。其中大部分神奇宝贝都有单独的统称。
1.三圣鸟
三圣鸟指的就是火焰鸟、闪电鸟以及急冻鸟，他们被统称为三圣鸟，在数量上，推测每个地区都有单独的三圣鸟。而且在实力上，三圣鸟虽然略强于普通神奇宝贝，但是战斗力却并不夸张，小智的喷火龙击败过急冻鸟，音波龙也曾经重创闪电鸟。
2.三圣兽
三圣兽指的就是雷公、炎帝、水君。和三圣鸟一样，这三只神奇宝贝也远不止一只，电影中甚至出现了它们的闪光版本。传说它们的诞生是因为洛奇亚所居住的钟之塔着火了，三只普通的神奇宝贝被大火烧死（普遍推测被烧死的是伊布），住在隔壁铃铛塔的凤王看不下去，将这三只神奇宝贝复活，这才诞生了三圣兽（你问我为啥洛奇亚不灭火，考虑到着火后下了一场雨，洛奇亚应该是有干活的，只不过没有凤王那么BUG的复活能力)
3.传说中的大型鸟类神奇宝贝
传说中的大型鸟类宝可梦指的是凤王和洛奇亚，三圣鸟并不算在大型鸟类宝可梦里面。其中凤王有着复活的力量，除了复活过三圣兽以外，它也复活过被打成渣渣的小智。洛奇亚则是海神，一般居住在深海的海沟里。动画中出现过大洛奇亚带着小洛奇的画面，推测这两只神奇宝贝应该是复数的存在，只是数量比较稀少。
4.超古代神奇宝贝
超古代神奇宝贝指的是裂空座、盖欧卡以及固拉多，这三只里面只有固拉多是不会飞的。这三只都能进行原始回归（盖欧卡、固拉多）或者mega进化（裂空座，且不需要mega石）在实力上，盖欧卡和固拉多半斤八两，裂空座则碾压这两个。
5.永恒神奇宝贝
永恒神奇宝贝指的是雷吉洛克、雷吉艾斯以及雷吉斯奇鲁，这三个神奇宝贝都是圣柱王雷吉奇卡斯创造的，一般负责守护各地的遗迹，神代就有这三只神奇宝贝。剧场版《梦幻与波导的勇者路卡利欧》中也出现了这三只神奇宝贝，负责守护世界初始之树。
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